La depurazione delle acque reflue industriali viene normalmente effettuata da ECOS

- sistemi di tipo biologico aerobico
- sistemi di tipo biologico anaerobico
- sistemi di tipo chimico-fisico

oppure con sistemi misti che uniscono in modo opportuno i diversi tipi di processo.
La diversità dei processi produttivi, anche all'interno di produzioni similari, non consente di stabilire dei dimensionamenti standardizzati, anche se in molti settori può essere identificato uno schema unificato di processo depurativo.
Lo schema definitivo e il dimensionamento dell'impianto di trattamento viene quindi adeguato ogni volta alle effettive caratteristiche delle acque di scarico prodotte dall'insediamento industriale.

Per il settore industriale,  ha sviluppato degli innovativi processi per il trattamento di acque ad alto contenuto organico.
In particolare sono stati sperimentati ed utilizzati:
- processi biologici a biomasse adese sommerse;
- processi biologici alimentati ad ossigeno puro;
- processi di ossidazione chimica ad umido ad altissima resa.
Questi processi, singolarmente o in combinazione con altri processi depurativi, permettono in molti casi di risolvere in modo semplice problemi di trattamento altrimenti insolubili o di soluzione eccessivamente costosa.